Gobierno de Pedro Santana.
De finales de mayo de 1844, Juan Pablo Duarte junto a José Joaquín Puello, llevaron a cabo un Golpe de Estado, deponiendo a la mayoría conservadora de la Junta Central Gubernativa. La nueva Junta Central Gubernativa estuvo presidida por Francisco del Rosario Sánchez. A principio de junio de ese mismo año, Pedro Santana marchó con sus tropas hacia Santo Domingo logrando destituir a Francisco del Rosario Sánchez.
El general Pedro Santana pasó a ocupar la presidencia de la Junta Central Gubernativa, siendo su primera decisión declarar a Juan Pablo Duarte, Ramón Matías Mella yFrancisco del Rosario Sánchez, junto a otros trinitarios, traidores de la patria, siendo enviados al destierro. A partir de ese momento, los trinitarios quedaron separados del poder.
En esta situación se inició la organización del Estado, nombrándose los primeros ministros y gobernadores, y organizándose los ejércitos e instaurándose el servicio militar obligatorio.
Al redactarse la primera Constitución, Pedro Santana ejerció presión sobre los constituyentes para que incluyeran el artículo 210 el cual establecía:
Durante la guerra actual y mientras no esté firmada la paz, el Presidente de la República puede libremente organizar el ejército y armada, movilizar las guardias de la nación; pudiendo, en consecuencia, dar las órdenes, providencias y decretos que convengan, sin estar sujeto a responsabilidad alguna.
El 27 de febrero de 1845, al conmemorarse el primer aniversario de la Independencia Nacional, Pedro Santana ordenó el fusilamiento de María Trinidad Sánchez, Andres Sánchez, tía y hermano del patricio Francisco del Rosario Sánchez, y José del Carmen Figueroa, acusados de conspirar contra el gobierno dominicano.
El Presidente Pedro Santana había sido proclamado por dos períodos consecutivos de cuatro años, por lo que debía gobernar hasta el año 1852. Pero al término de su primer período la situación de crisis política y económica que vivía el país hizo que su gobierno perdiera popularidad por lo cual éste argumentó quebrantos de salud, renunciando el 4 de agosto de 1848.
Luego de su renuncia, fue sustituido por Manuel Jimenes Gonzalez. El gobierno de Jimenes tuvo desde sus inicios la amenaza de nuevas invasiones. Tras la negatividad de estas amenazas por parte de Jimenes González, el Congreso Nacional llamó a Pedro Santana para que se hiciera a cargo de la situación militar, permitiéndose después de sus triunfos recobrar su prestigio político.
Esto llevó a cabo que Pedro Santana hiciera un Golpe de Estado contra Manuel Jimenes, el 29 de mayo de 1849. Gobernó el país desde el 30 de mayo al 23 de septiembre de1849, como proceso de transición de las elecciones convocadas ese mismo año, las cuales fueron ganadas por el candidato sugerido por Santana, Buenaventura Báez.
